目前多囊肾尚缺乏特效治疗，但下列措施对延缓肾功能的进展和恶化有一定好处。
1、减少刺激性食物的摄入及剧烈运动
咖啡、浓茶、巧克力等刺激性食物可促进囊肿细胞的增生，剧烈运动可能导致囊肿破裂，均应避免。
2、限食
研究表明，多囊肾动物通过限食，囊肿长得慢、肾功能恶化得慢，有明显的效果。我们在临床中发现多个多囊肾的病人，吃得少、体型瘦，肾功能长期稳定。
3、合理应用ACEI或ARB类降压药
合并高血压病人可选用ACEI或ARB类降压药，如赖诺普利、替米沙坦、氯沙坦钾、奥美沙坦、癫沙坦氨氯地平等，最好将血压降至/80以内。
多囊肾常常合并脑血管畸形，容易发生脑血管意外，ACEI或ARB类降压药既可以降压、预防脑出血，又可以延缓肾功能的恶化（血清肌酐超过μmol/L要慎用ACEI或ARB类降压药）。
4、合理应用二甲双胍
合并糖尿病或肥胖病人可应用二甲双胍，既可以降糖、减肥，对肾脏也有保护作用。
二甲双胍是AMPK激活剂，AMPK的激活能抑制囊液的分泌，还能拮抗mTOR以抑制囊肿细胞增殖。
5、合理应用他汀类降脂药
普伐他汀等他汀类降脂药不仅可以抑制胆固醇的合成降低血脂，还能减慢儿童和青少年肾囊肿的生长，降低肾功能的下降率，对炎症和内皮细胞损伤也有一定的抑制作用。
6、合理应用雷公藤多苷片
雷公藤甲素能恢复钙离子通路，诱导钙离子释放，抑制细胞增殖，延缓囊肿形成和发展。
临床试验发现雷公藤多苷片在伴大量蛋白尿的常染色体显性遗传多囊肾病病人中能显著减少尿蛋白，延缓肾脏总体积的增长率和肾小球滤过率的下降率。
7、合理应用托伐普坦
临床试验发现，托伐普坦能显著降低多囊肾的体积增长率并延缓肾功能恶化，尤其是对肾囊肿长得较快、肾功能尚可的病人效果较好，已被日本、欧盟和加拿大FDA认可，但价格昂贵，并需要长期用药。
8、对症治疗
（1）多囊肾常合并血尿，因血尿常为自限性的，一般不需要特殊治疗，若持续出血则应减少身体活动并多喝水，还可适量使用云南白药。
（2）出现疼痛者可使用镇痛剂治疗，若持续疼痛则需考虑是否有感染、结石或肿瘤，囊肿增大导致明显疼痛者可考虑经皮穿刺抽吸囊液（一般情况下不主张囊肿抽液）。
（3）伴发感染的病人应使用足量的能穿透囊肿壁的抗生素治疗，首选左氧氟沙星等氟喹诺酮类抗生素。